关于亚特兰蒂斯的众多理论中提到亚特兰蒂斯人对水晶的广泛使用。水晶在颜色和谐波频率上很少发生变化。水晶遵循谐波频率规则，能够和一种看上去类似音叉的工具一起使用。
亚特兰蒂斯人据称利用金字塔能量，把谐波和晶体连接到一起。如同我们地球中心的大金字塔与网格矩阵相连形成了我们的实相一样，亚特兰蒂斯人也是这样做的。他们的金字塔据称沉入了大西洋底，这是一种关于回归集体无意识或创世本源的比喻。
亚特兰蒂斯水晶接收到来源各异的能量，包括太阳、地球能量场网格系统或来自对方的能量。网格点往往是用金字塔标注出来的。亚特兰蒂斯人利用这种能量，和水晶相结合，将能量从一座金字塔转移至另一座，或者像外星人那样，进入或离开地球。
根据一年中地轴倾斜的特定时间，一座金字塔能够增并转移能量至另一座金字塔，这样金字塔就作为接收设备，并在需要时能够分散能量。反过来，当该金字塔没有与它们的天体对齐处于聚焦点的时候，那么其他金字塔就被用作发射器。这是一个复杂的矩阵水晶网格系统。
就像亚特兰蒂斯大陆残骸一样，这仍然是一个无法驳斥的谜团。更令人捉摸不透的是一个神秘现象的存在，围绕着一个不寻常的水晶球，据称它是从一座被淹没的金字塔中找到的，地点位于据说是亚特兰蒂斯曾经存在的水域附近。被称作Ray Brown的亚特兰蒂斯水晶球，这个球体的发现发生在1970年，他当时正在巴哈马的巴里群岛进行一趟水肺潜水的旅程。当他潜水的时候，Ray Brown——一位自然疗法医生——渐渐和他的朋友走散了，当他搜寻他们的时候，他来到了一个奇怪的金字塔结构面前。
