Pilot
作为领航的第一集，每个主角的出场，都张显了各自的特色。 Angela，因为接机迟到，在机场显示屏无法显示的情况下，抛胸色诱机场管理员。 Temperance，机警的反应，在机场痛揍保安，在保安打开她书包的时候，用那个骷髅头“bon"一声差点吓”死“保安，然后被保安认为是心理变态，只因为bones拿着死人头骨被保安审讯时候，没有汗流浃背。
Booth，利用FBI职权，扣留TEMPERANCE，希望她接手案子，和他合作。 BB两人从机场，一路的争执和讨价还价中，间接对ZACK身份和个性的介绍。 都让人感到一种同一般犯罪片不同的气氛，少了一些压抑和受害者带来的阴暗面，多了一些粉色的，主角之间的情感互动。 案情： 在国家墓地的水池里，发现一具高度腐烂的女孩遗体，初步认为是一个年轻的会打网球的南非及白人混血。在angela重组了受害者面容之后，确认是2003年失踪的，和参议员闹绯闻的女孩儿eller。
死因--被利器刺杀，然后被凶手用锤子重击头部4-5次，以及用刀削掉了指纹，只因为凶手不愿eller被认出。并在头骨里面找出带有特定硅藻泥的水泥。而且eller已经怀孕 最后根据硅藻泥，找出凶手，是参议员的助手，同时也是eller当时的男友。因为eller怀了参议员的孩子，而威胁到他自己的前途，而杀了eller。
识骨寻踪第一季第2集剧情介绍The Man in the S.U.V.
美阿友好联盟领导人hamid，驾驶着自己的suv在一家咖啡馆门口爆炸，被怀疑是恐怖袭击，为了不引起政治问题，Bones被要求，确定死者身份(希望不是hamid，而避免政治风波)。
识骨寻踪第一季剧照
然而死者被确认为hamid，并且通过头骨的不完整性，以及骨质，确认死者患有类似红斑狼疮的免疫系统疾病，而导致患病的，是因为死者弟弟是恐怖主义信仰者，为了制作破坏性极大的污染炸弹，而间接的感染了自己的哥哥，为了不让自己的计划泡汤，而谋杀了自己的哥哥。
并在集会场合，要引爆炸弹的前一秒，被booth精准的枪法击毙。
识骨寻踪第一季第3集剧情介绍A Boy in the Tree
贵族私人学校假期结束之际，发现了貌似上吊自杀的男孩遗体，经过身份鉴定，是委瑞内拉大使的儿子，因为先天残疾，植入了内置耳蜗，从而根据上面的序号，确认了身份。
而学校因为自身利益，希望尽快确认这个案件是自杀，而bones却因为遗骨证据以及大使对她的一番母性感触的陈述，让她认定这是一起谋杀，虽然中间因为证据原因，而一度让她怀疑自己的判断。
但最后，认定是和男孩儿有幸关系的女孩儿及男孩儿室友，为了阻止男孩儿把他们用作敲诈勒索的性录像带给校长，而用过量安眠药药倒男孩儿，然后吊到树上，企图以自杀的假象掩盖谋杀的事实。
识骨寻踪第一季第4集剧情介绍The Man in the Bear
女兽医和印第安护林员在解剖被偷猎的黑熊时候，在黑熊体内发现了一只腐烂的人手，为了确认死者身份(就通过那只手)，而请来了bb，在美国偏僻的小镇，最大的经济收益，就是靠旅游，而在bb追查线索的时候，发现另一名寻找失踪者的寻人启事，寻找一名来此远足的希腊女孩。
经过对残骸的验证和bb不懈的查证，在残留的皮肤上找到tattoo，从而确认残骸属于一个叫做adam失踪十天，想做护林员的大学生。 通过对黑熊粪便的分析，以及对残骸的进一步观察，认为是一个食人狂作案，并找到了可能的案发现场，发现了一种古老的印第安祭祀场地，仔细观察之后，发现一切都变得十分的诡异。
就在祭祀场地旁边，找到了失踪的受害者--少了一只手的adam，和心脏失踪的希腊女孩儿。 通过对希腊女孩的遗骨检测，确认了凶手是镇上的外科医生。因为食吃生人肉，而导致精神错乱，或者因为精神错乱，而导致食吃生人肉。
识骨寻踪第一季第5集剧情介绍A Boy In a Bush
个人总是不习惯犯罪篇中，受害者是很小的孩子，就一如angela因为受害者是个6岁的孩子而对自己是否能够继续胜任工作产生怀疑，zack需要在bones的引导下，完成对遗骨的处理和分析。 面对那么小的一幅遗骨，任何人，都会痛恨伤害他们的凶手。
案情： 商场后的灌木丛里，发现一具被野狗，昆虫高度损坏的小孩遗骨，初步估计，是失踪了的六岁男孩charles，而charles患有遗传性低磷血症，从而导致异常的脆骨，和发育不平衡。最后查出，是患有恋童癖的邻居利用charles同样被领养的哥哥sean诱拐了charles，在侵犯charles的时候，为了不让他哭出声，而用膝盖压住胸骨，从而导致胸骨断裂，造成死亡。
在逮捕了凶手之后，还查处，他不光对charles有侵犯行为，对自己的儿子也一样有虐待和侵犯行为。
识骨寻踪第一季第6集剧情介绍The Man in the Wall
难得出门狂欢，在被angela带到disco狂欢的时候，居然还能发现藏在disco墙后的风干掉的现代木乃伊，鉴定过程中，确认，死者是 disco原dj，死因是因为被带有海洛因的塑料袋，蒙住脑袋窒息致死。
并且，死者的“女友”失踪了，最后在disco另外一个dj的音乐室，找到了失踪女友的尸体，通过对遗骸的检测，认定凶手是disco的老板，而通过手杖将其定罪。
识骨寻踪第一季第7集剧情介绍A Man on Death Row
曾和BOOTH有过一段感情的年轻女律师AMY，一周前接手为一起谋杀案的嫌疑人EPPS辩护，EPPS7年前涉嫌谋杀十七岁女孩APRIL被BOOTH逮捕，两审被判处死刑，而AMY找到BOOTH时距离执行日期已经不到24小时了，AMY坚决反对死刑并认为EPPS是无辜的，在之前辩护过程中，证据里有一根不属于EPPS的阴毛没有被确认，而两次审判的陪审团和法官都没有将其列为考虑证据，所以她希望BOOTH和EPPS面谈，从而改变观点。
而BOOTH为了AMY，希望BONES帮忙重新验尸。在周末的24小时里，三个人周旋于法官，实验室，嫌犯中间，在执行的头半个小时，找到了可以延缓执行的证据，然而，并非证明EPPS清白，而是证明了看起来无害的EPPS实乃涉嫌杀害多名女子的连环冷血杀手，介于美国司法体制，EPPS的死刑最终得到延缓，以便继续调查。然而对于理想主义的AMY，以及面对更多受害者的BB，都是一个无法轻易接受的事实。
识骨寻踪第一季第8集剧情介绍The girl in the fridge
案情简单，而且破案速度堪称两个季度中最快的，不到20分钟，就找到疑犯，整集其实着重描写的，是以案子为媒介，brennan和她突然来拜访的前任男友+前任导师关系的变化。 FBI从丢置垃圾的山谷里找到了一个旧冰箱，其中发现了腐烂的尸体，而与此同时，bones的前男友兼人类学导师前来拜访她。作为同样优秀的法医人类学家，两个人以一种既暧昧又竞争的关系相互较劲着。开庭之时，bones发现前男友前来的目的果不单纯，着实可恨。
识骨寻踪第一季第9集剧情介绍The man in the fallout shelter
圣诞节了，实验室里面都洋溢着温馨的圣诞气氛，所有人为了圣诞晚会都盛装打扮，而bones则为怎么都不愿意去参加，因为圣诞节对于bones来说是一段伤心地回忆，她的父母15年前，就是在圣诞节前夜失踪了。 一个50年代建造的防空掩体里面发现了一具遗骸，警方认为是谋杀。
在死者的口袋里，找到了两张去巴黎的单程机票，而那家航空公司，在60年代已经破产了。 为了尽快确认死者身份，bones要求所有人留下对尸骨作初步检查。 就在zack对尸骨进行锯片分析的时候，切割扬起的骨灰，触发了实验室生物污染的警报，bb，angela，goodman，hodgins，zack都被锁在了实验室里。
原来遗骨携带溪谷热的孢子真菌，所有人都要被强行留在实验室直到确认没有人被感染。 根据死者手提箱里的收藏硬币，以及一张裁缝店的提货单，确认了死者的身份，lionel littel， 1958年11月7号，在裁缝店现金预订了他的结婚礼服，可是之后，就没有出现过。
goodmann根据手提箱里一打热情洋溢的情书，推断出，lionel的情人是一名黑人女性，而白人与黑人恋爱，在那个年代的美国是违法的。
识骨寻踪第一季第10集剧情介绍The woman at the airport
洛杉矶国际机场，找到了零散的尸体，因为尸体被山狗咬得七零八碎，并且在国际机场范围内，所以fbi插手调查，当然了，booth就需要bones去帮他鉴定受害人身份。
阳光灿烂的洛杉矶，盛产美女，而这些美女的美丽，却不是全部都100%天然的，受害女孩就是一个经历了无数次整容的高级公关妓女，因为同行的女友，嫉妒她，而痛下杀手。
案子十分简单，但却带出了一系列令人深思的社会问题，就像bones说，是什么样的人，对自己的容貌憎恨到了这个程度，要把所有自然骨骼特征都消除，以至于，被谋杀之后，让别人都无法鉴别出她的身份，bones就一名法医人类学专家的角度，批判了日益盛行的人工整容。
识骨寻踪第一季第11集剧情介绍The Woman in the Car
在一辆SUV中有个被完全烧焦的女人，经验证，确定死者身份，并且得知车上曾有个孩子，很可能已经被绑架。死者的丈夫Decker被认为有很大嫌疑，但BB意外发现 Decker是个受美国联邦政府保护计划保护的证人，他要举证的KBC公司似乎才是罪魁祸首。
Decker摆脱美国执行局的控制，跑到KBC公司，打算为被杀的前妻和被绑架的儿子报仇，BB及时赶到(在这一段，Booth从一个慈爱的父亲的角度体会Decker的心境，比任何高智商和高科技都更有效，令人感动)。
说服Decker跟FBI合作，但同时Decker提出只有确认他儿子安全才会出席法庭作证。 Booth收到绑匪寄来的一截手指，来自于被绑架的孩子。Hodgins的出色工作使大家找到了绑匪和的藏匿地点。一番枪战之后，Booth顺利救出男孩，使他们父子团聚，案件告破。
识骨寻踪第一季第12集剧情介绍The Super hero in the Alley
这一集受害者是个醉心于漫画的男孩(17岁)。他有一些同样热衷于漫画的朋友，并且，Warren还跟别人合作创作了本漫画书，把自己想象的英雄世界描绘出来。在Warren的漫画世界里，他自称“Citizen 14”。 Bones和Booth找到一些人，可是逐渐排除了他们的嫌疑。
最后还是Warren自己的作品帮助了大家：Angela设法恢复了Warren背包里的漫画书图像，并且找来他们的Boss————Goodman，这位考古学家擅长分析人物个性(通过观察人物的绘画作品、处所环境等，而不是骨头，呵呵)。
他从漫画中发现，Warren设计了“拯救一个美丽的女神”的情节，而这很可能存在于他的现实生活中，尤其Zack和Hodgins在整理骨头时意外发现Warren已经身患绝症(白血病)而将不久于人世，显然他希望在生命的最后一段时间里，有机会做次真正的英雄。
最终，案件解决，凶手是Warren打工的保龄球馆的经理，而那个需要被拯救的“美丽女神”正是经理的妻子，一个多次遭受丈夫毒打的女人。
识骨寻踪第一季第13集剧情介绍The Woman in the Garden
一个叫Jose的人的汽车里装着副年轻女人的骸骨—这是个已经怀孕五周的年轻女人，看起来这副骨头刚刚从地下挖出来。 Booth接手了这个案子，Bones也因此延迟了她的另外一项研究。
经过Hodgins的分析，他们找到了骸骨最初被埋葬的地点，进而发现那里还曾经埋过另一具尸骨。通过一系列查证和分析，BB最终找到了另外那具尸骨，并且证明了这两具骨头是父女关系。
同时，他们也是案件开始时被抓捕的那个Jose的父亲和妹妹，Jose并不是什么凶手，他只是想让父亲和妹妹入土为安。 案件水落石出了，Maria在一个很有声望的议员家做女佣，却跟议员的儿子Logan相爱并且怀孕。
而议员的管家为了阻止Maria靠近Logan，失手将她从高高的梯子上拉了下来，导致Maria的头撞在床头的柱子上死亡。
识骨寻踪第一季第14集剧情介绍The Man on the Fairway
一架小型飞机意外坠毁，飞机上原本应该有五人，但当FBI勘查现场时发现第六具尸骨，Bones和她的组员们的任务是尽快查明这第六个人的身份，最终的结论是这个多出来的人应该是个“高级应招女”。
识骨寻踪第一季第15集剧情介绍Two bodies in the lab
Bones和她的组员门接到个新案子，一具带着副“水泥脚”的尸骨被认为是六年前失踪的黑帮头头James Cugini，这次由Booth的同事Kenton负责处理这个案子(此人当年曾在一个叫Romano的家族帮派内做过卧底)。
Bones跟Booth来到了另外一个案件的现场，受害者死前受尽折磨，Booth怀疑凶手正是2年前采用相同方式杀人的Kevin Hollings，他当年因证据不足而免于起诉。
Bones结束现场勘查之后在约会地点意外遭枪击，所幸没有受伤，Bones坚持返回实验室继续工作，这让Booth很恼火。 BB来到Hollings家里设法他收藏的钥匙带回调查局。Hollings异常冷静、狡猾，Booth几乎一筹莫展，幸好Bones的“灵光一现”使调查找到正确的途径，很快就锁定了“钉死”Hollings的罪证。
一个案子解决，可是Bones被追杀的事情还没什么眉目，Booth随身保护，恰恰替Bones挡了”灾“，并因此受了不轻的伤。Booth把保护Bones的任务交给Kenton，谁知这个人正是袭击Bones的元凶。James Cugini(片头那个“水泥脚”)就是被Kenton所杀，他当年在帮派做卧底，后被收买，做起了“反间谍”。
Bones陷入了前所未有的危险之中，最后时刻“闪亮的FBI骑士”及时出现，救下Bones，Kenton被绳之以法，总之，一个happy ending!
识骨寻踪第一季第16集剧情介绍The woman in the tunnel
Marni Hunter，一位女记录片制作人，她的尸体被发现在一处地下管道的竖井口底部。
Bones发现一个神秘人Harold overmeyer，他是地下居住人中的“领导者”。Harold是个退役军人，他与Marni熟识。Harold拿出一样东西，他认为这是导致Marni被杀的原因。Goodman认出这是一件美国南北战争的文物，几乎是个无价之宝，同时也证明了宝藏金库的存在。
案件的侦破逐渐与一批南北战争时期即被保存在地下管道中的宝藏关联起来。BB找到了marni的两个教练Kyle(Marni的前男友)和Duke。
BB再次进入地下管道之中，最终发现了那批宝藏，并且当场抓住正在盗取宝物的Kyle和Duke，而Duke则正是杀害Marni的凶手。
识骨寻踪第一季第17集剧情介绍The skull in the desert
Angela跟她的摄影师男友在沙漠里的一个小镇度假。Bones照常在实验室里分析着骨头，这时Angela打电话来，希望Bones能帮忙分析一具头骨，因为Angela怀疑这正是自己失踪了五天的男友。
Bones毅然赶往小镇帮忙，并且随后打了个电话给Booth，要求他用“FBI的权利”帮助她们。 通过鉴定，头骨被确定是Angela的男友Kirk，并且Kirk向导Dani也失踪了。
BB找到了一个本地知名的艺术家，Bones认为他参与制造伪币。 在对Dani的搜索中，发现了Kirk的摄影器材，Angela冲洗出部分照片，并根据照片找到了Kirk被杀的地点。
最终，Angela运用“跟沙漠说话”的能力(她男友一直推崇的某种感觉)帮助大家找到了Dani，很虚弱，但是还活着，而Kirk被杀的原因也水落石出。
他因为目睹了毒犯们的交易而被杀，开枪的就是那个艺术家，至此，案件告破。Angela决定不再返回这个让让她伤心的地方，Bones的安慰充满了“严谨的科学”意味，至于 Booth，则很高兴能够回到“文明世界”去。
识骨寻踪第一季第18集剧情介绍The man with the bone
FBI的验尸官Harry在一具尸体的手中发现一节手指骨，经过实验室的分析，它有300年的历史，加上这根骨头被发现的地点，Hodgins和Booth兴奋不已，因为所有迹象表明他们找到的是一个海盗的尸骨。
他俩来到一个海底宝藏挖掘现场，这里的投资人是个叫Branson Rose的亿万富翁，他有两个合伙人：Giles和Macy(就是那具手里抓着海盗手骨的尸体)。Hodgins说服Bones同意他到200尺深的水下采集样本。
他在水底找到一副相当完整的尸骨，一副海盗的尸骨! 大家还没兴奋多久，骨头突然消失了，在安全戒备森严的实验室发生被盗事件让Bones大为恼火。通过Goodman的调查，很快找到了偷骨头的人：学会的保安，通过他的指认：Hodgins发现的海盗尸骨根本不属于什么宝藏，它是被从 Jeffersonian海盗展览上偷出来放到那个挖掘现场的，目的就是为了让投资人Rose认为这里有一些有价值的东西。
以便继续投资，做这些事情的正是他的合伙人Giles和Macy。 BB找到Giles，却发现他也被杀了，死状与Macy相同。Bones指出的死者被杀的手法很像受过专门训练的特种部队人员。BB成功抓住了曾是海军陆战队员的凶手，hodgins平安归来。
识骨寻踪第一季第19集剧情介绍The man in the morgue
Bones到新奥尔良度假，实际上却在帮助当地医疗机构辨别卡特里娜飓风过后的残骸中找到的尸骨。
一天后，Bones 从血泊中醒来，她的头部受了些伤，手掌骨折，更糟糕的是她失忆了，对过去一天多时间的记忆几乎一片空白，她能想起的最后一件事就是在停尸间里跟一位叫 Graham Legiere的验尸官说话，以及这位验尸官曾经打翻一个医疗器械盘。新奥尔良当地的警探Harding接手调查Bones的案子，她对Bones的失忆将信将疑。
Booth也来到新奥尔良，他和Bones在接下来的调查中发现更多诡异之处：Bones曾经邮寄一份编为“无名氏361”号的尸骨资料回学会，证据显示这个死者应该死于一场谋杀，Bones则对此毫无印象。跟随着线索，Booth和Bones来到Graham的家里，发现Graham被杀了，Harding警探坚持认为Bones有很大嫌疑，与此同时，新的验尸官发现所有关于“无名氏361号”的档案都不见了，甚至连尸体也找不到。
在寻找无名氏的过程中，大家还找到了验尸官助手Mike Doyle的尸体，在牧师Sam进行一个简单的祭祀仪式时意外发现无名氏的尸骨上有个汽车撞击的痕迹，据此所有证据被引向一个宗教祭品商店的店主 Benoit和他的女儿Eva。
案件告破了，所有这些命案都与一个神秘的宗教“伏都”和它的一个“邪恶的分支”——红宗有关(甚至Bones开始时的失忆也可能是伏都教的某个符咒所致)，他们之间关于力量、灵魂的斗争导致了这一系列凶杀案。
识骨寻踪第一季第20集剧情介绍The graft in the girl
FBI副长官Cullen的女儿Amy得了肺癌，Booth、Bones和Angela不得不把公务拿到医院请他批复。
在谈话过程中， Bones对Amy致病的原因产生了怀疑，经过简单分析，Bones发现Amy几个月前骨折手术时移植的一段骨头显然不符合标准，骨头捐献者的年龄偏大(60岁左右)，甚至已经是个癌症晚期患者，正是由于骨头中癌细胞的转移导致了Amy年纪轻轻就罹患肺癌。
BB设法使这件事成为FBI 管辖范围内的案件。经过进一步调查，他们最终找到了骨头的捐献者William Hastings，在他死后，殡仪馆的司仪Nick Martin为了牟取暴利，与他的合伙人私自做了骨头摘除，然后以一个虚假公司的名义将这些骨头卖给器官移植机构。
从而进入医院，被移植给那些需要的人。案子破了，可是Amy健康已经没有希望，幸好在Angela的倾情帮忙下，Amy“亲身体验”了她梦寐以求的卢浮宫第。
识骨寻踪第一季第21集剧情介绍The soldier on the grave
军人公墓有人在一位伊拉克战争英雄Charlie Kent的墓碑前“自焚”了。死者名叫Devon Marshall，曾跟Kent在同队服役，Kent被枪击身亡的那次行动中Devon也在现场，更重要的是，实验室的检查发现Devon在被火烧之前就已经死亡，这是个谋杀事件。 为了调查Devon的死因，Booth询问了曾与Kent在同一小队的每个人，这些人过于一致的证词反而引起Booth的怀疑。
Bones为彻底查明 Kent被枪击的准确过程，申请挖出了Kent的尸体。 Angela重建了Kent和他所在小组队员们那次行动的现场，种种迹象表明Kent并非死于敌人的枪击之下，甚至那些所谓“敌人”，也并不是什么试图袭击美军的“武装分子”，而只是手无寸铁的普通百姓。
由于Kent的莽撞，无辜百姓被杀，并且导致行动小组成员Lefferts判断失误。 Kent是被自己人误杀的，Bones对子弹的检查证实了所有这一切，行动小组的领导人Fuller上尉要求所有人隐瞒了事情真相，而 Marshall想要揭穿这些，所以他被杀了，但凶手并不是误杀Kent的Lefferts(他没有作案时间，且最后因为内疚而上吊自杀)。
真正杀害 Marshall的人是小分队中的一位女性成员，她参军，因为军队出资让她完成医学院的学业，她不想因为Marshall吐露事情而毁了自己现在的生活。
识骨寻踪第一季第22集剧情介绍(大结局)The woman in limbo
Bones是学会最繁忙的人：Goodman要她辨别一个头骨的人种，Hodgins想知道她先要哪个证据，Zack的头骨塑型还需Bones最终确认，Angela要...;不过，他们都没有机会，Booth牢牢的“霸住”Bones，他要带Bones上法庭作证人，其他人都只能靠边站(Bones的男友David也不能例外)!
Bones正准备出门，Angela根据Zack的头骨塑型所做的全息人脸呈像，突然有点“失常”，所有人都是一脸疑惑，返回实验室找人的 Booth解答了他们的疑问：这个头骨正是Bones已经失踪了15年的母亲。由于找到了尸骨，Booth很快将Bones母亲的失踪列为FBI正式调查的案件，并且没过多久就查出Bones父母的身份很可疑，他们使用假名字、假身份，甚至，他们根本不是Bones一直所“认识”的父母! Max和Ruth Keenan是一对雌雄大盗，他们成功实施了无数起银行盗窃案，从未失手，1978年之后他们洗手不干，隐姓埋名，用新的身份开始了新的生活，并且给他们的一双儿女的名字从Kyle、Joy改为Russ和Temperance。
Booth找来Bones十几年来从不联系的哥哥Russb帮忙调查，并且通过向当年调查那些银行大盗的探员了解情况，得知Bones父母的失踪可能与那些凶恶的盗匪有关。根据Booth的推测，应该是Bones的父母告发或者脱离了那个盗窃组织，后来突然有一天被这伙人中的一个找到，为了不危害自己的儿女，他们选择离开，再没给Bones和Russ任何消息。
Bones母亲的死因确定了，同时，Angela根据Russ的描述画出一幅画像，据此，Booth找到一个正在受证人保护计划的人Mcvicar，此人现在以Steve Beers的身份在一个农场养猪。Mcvicar向Bones讲述了她母亲被杀的“真相”，Bones无法接受那样的“真相”，而Booth则认为他是为了自保在撒谎。
最后，Mcvicar还是作为杀害Bones母亲的嫌疑人被逮捕了，而在Booth的穿针引线下，Bones和她的哥哥Russ和好了，就在他们准备庆祝一下重新找回的亲情时，电话答录机里的留言惊呆了所有人：Temperance， you have to stop looking you just have to stop looking for me right now....，留言的是Bones仍然下落不明的父亲!
