东京市内某家livehouse，神秘的天才钢琴师BABY正在演奏。场内座无虚席，但是演出只进行了十分钟就中止了。原来，BABY的真实身份是妇产科医生鸿鸟樱。
鸿鸟接到了来自急救中心的紧急呼叫和新人妇产科医生下屋加江的电话，马上中断演出赶往医院。被急救车送到医院的孕妇夏希没有接受过孕检，妊娠周数不明。这种“未受检孕妇”万一有传染病，对医护人员和其他病人都极其危险。
产科医鸿鸟剧照
但是，鸿鸟认为婴儿是无辜的，他要求救助新生儿。他的同事白川领犹豫不决，最终新生儿科的负责人今桥贵之做主接受了病患。鸿鸟又请社工向井祥子帮忙，而资深助产士小松也赶来了。所有人都为夏希的平安生产而努力着。
产科医鸿鸟第2集剧情介绍妇产科医生鸿鸟樱、四宫春树、新人产科医生下屋加江，以及新儿科医生今桥贵之、白川领、助产士小松留美子等人参加的周产期母婴医疗中心的联合会议正在进行时，急救医生加濑宏闯了进来。他告之众人有位遇到交通事故、即将临盆的产妇将在五分钟后送到医院。
产妇永井晴美头部受伤、意识不清，不过，胎儿的心音并无异常。鸿鸟提议趁着胎儿状部不错赶紧进行剖腹产，而加濑宏则认为应优先抢救母亲，如果实行剖腹产也许会造成母亲的状况恶化，所以鸿鸟的提案被排除了。
这时，晴美的丈夫浩之匆忙赶来，他听加濑介绍了睛美目前的状况后，一时无法接受这种突然从天而降的灾难，呆呆地看着呆在ICU的妻子。鸿鸟冷静地向浩之说明了睛美与其腹中胎儿的状况，请浩之尽快做出决断。
产科医鸿鸟第3集剧情介绍鸿鸟遇到十年前经手的产妇濑户加奈子所生的女儿遥香。当时还是个小婴儿的遥香如今已长成一个有着可爱笑容的少女，而且特别喜欢弹钢琴。但是，因为加奈子怀孕时得过风疹，导致遥香患有先天性白内障和心脏疾患。
宣传风疹疫苗接种重要性的电视节目邀请遥香出演。就是否出演一事，加奈子来找遥香还是新生儿时的主治医生今桥贵之咨询。加奈子担心的是，如果女儿上了电视后将招致公众的好奇心，也许会对她的成长带来不必要麻烦。另一方面，在医疗中心附近，孕妇木村法子正在吸烟时，突然腹内一阵巨痛。正巧路过的四宫见状连忙将她送到医院。法子的情况是胎盘从子宫剥离的“胎盘早期剥离”症，母子都极度危险。
其实，四宫告诉过法子吸烟对婴儿会产生恶劣影响，也曾多次警告她不要在孕期吸烟。现在，以法子的情况而言，除了做剖腹产别无他法。就在这时，四宫忽然想起与法子情况类似的另一个孕妇的手术的事，那段往事给他留下了心理阴影。深知四宫过去的鸿鸟决定参与手术。
产科医鸿鸟第4集剧情介绍妊娠21周零一天的孕妇田中阳子被丈夫阿淳抱进医院。感到身体发生异常变化的她在来医院的途中羊水破了，面临流产的危险。就在前一天，阳子来做检时曾说到过感到肚子有点不对劲，而主治医生下屋却回答她说没有什么问题。
现在，面对阳子的质问，下屋无言以对。鸿鸟向病人及家属解释，她的这种情况事先很难预测，而且婴儿目前处于非常危险的境地。听他说完，田中夫妇目瞪口呆。而鸿鸟不得不请他们做出残酷的决断。
另五方面，下屋由于自己无法向患者说明情况而请鸿鸟去做那件苦关事而备感愧疚，并且怀疑自己是否有资格做个医生。在联合会议上，下屋又受到新来的新生儿科医生新井惠美的严厉批评和质疑。作为产科医生，下屋正面临着前所未有的难关。
产科医鸿鸟第5集剧情介绍公益组织“斑鸫会”的代表来找今井贵之。该组织主要为那些无法得到双亲抚养的孩子与无法生育子女的夫妇牵线，帮助他们建立收养关系。为了保护那些被虐待或一生下来就被亲生母亲抛弃的婴儿，他们希望能得到医疗中心的支持。
这时，经大泽政信院长介绍，初中二年级学生吉泽玲奈在母亲昌美陪伴下来接受鸿鸟检查。玲奈已怀孕八个月，无法做堕胎手术。鸿鸟细致地向她说明了像她这种年龄过小就生孩子的人会面临的情况，而玲奈本人却似乎并不关心这些。因为如果本人没有成为母亲的心理准备，自然不会有体内正孕育新生命的责任感。玲奈腹中孩子的父亲是她的同学元仓亮，因为当事人都是初中生，所以今后婴儿的出路问题要由双方家长协商。
亮的父亲拒绝抚养孩子，身为单身母亲的昌美也无力抚养外孙。婴儿由谁抚养的问题依然悬而未决。今井想到了“斑鸫会”。亮的父亲极力赞成把孩子交给别人收养，而鸿鸟希望孩子的亲生父母——玲奈与亮在一起认真商量后再做决定。另一方面，鸿鸟与一个他一直怀念的人偶然重逢，勾起了他小时候的回忆。
产科医鸿鸟第6集剧情介绍一位怀孕31周的孕妇被送到医疗中心，她自诉有出血和腹痛症状。虽然进行了紧急开腹手术，但是，因为子宫破裂，她的子宫被完全摘除，胎儿也没有保住。孕妇今年43岁，两年前曾做过子宫肌瘤的切除手术，经过不孕治疗后才怀上了孩子。
鸿鸟负责的产妇敦子也是43岁，经过五年的不孕治疗后总算平安地迎来了预产期。不过，由于担心妊娠高血压综合症，她决定早点住院好好检查。一天晚上，永井浩之慌里慌张地抱着女儿芽依来找鸿鸟。健康出生的芽依如今已经6个月大了。浩之对鸿鸟说，这天他从保育园接芽依一起回到公司，就在他工作时，女儿的样子忽然变得有点怪。
芽依的母亲在临近生产时遇到交通事故，在鸿鸟为她施行剖腹产取出芽依后去世。从那以后，浩之一个人抚养女儿，既要工作又要照顾孩子，为了能成为合格的父亲而努力奋斗。敦子做剖腹产的日子到了。以鸿鸟为首的产科医生和新井惠美、白川领等新生儿科医生通力合作，设想到了可能发生的状况并采取了预防措施，然而，在手术中，还是发生了意料之外的状况。
产科医鸿鸟第7集剧情介绍孕妇森亚沙子对于在助产院自然分娩是最幸福的说法深信不疑，平时也非常注意饮食均衡和适度锻炼，是个健康生育意识极高的女性。但是，她过于迷信助产院，以至于对于医院产科产生了偏见。她对助产院的资深助产士野野村秀子说，在助产院自然分娩是她的理想，只是为了尽义务才到医院进行产检。
在诊察过程中，讨厌在医院生孩子的她甚至没有看主治医生鸿鸟一眼。另一方面，孕妇山田郁美受不了生产时的阵痛，不肯在助产士指导下进行自然分娩，大声质问鸿鸟作为产科医生为何不做点什么减轻她的痛苦。对于歇斯底里的郁美，助产士小松留美子用力握住她的手，一直不停地鼓励她。
小松留美子感慨地说，虽然理论上讲，应该花更多的时间关怀那些没有生育经验的初次生产的孕妇们，但是在繁忙的医院，这种事情不可能办到。而且，她还告诉鸿鸟和下屋，实际上她的开助产院的同期在劝她跳槽。这时，由于野野村的发言，小松和四宫发生争论。四宫认为，在没有产科医生的助产院里生孩子是绝对不行的，而小松则对助产院有着特别的感情。
产科医鸿鸟第8集剧情介绍经鸿鸟诊察的孕妇川村实咲怀孕第37周，但情况并不乐观，她跟鸿鸟说每次胎动都让她感到不舒服。实际上，在两年前，实咲曾怀过孕，也是由鸿鸟负责，那次妊娠的结局非常可悲，鸿鸟无论如何都不能忘怀。
这次能再度怀孕，实咲十分欢喜，但她内心还是无法摆脱失去头一个孩子的阴影。另一方面，正沉浸在初次怀孕的喜悦中的土屋真纪，被主治医生四宫告之，她肚子里孩子患有唇腭裂。虽然四宫简略说明了这种病经过手术可以治疗，但真纪还是感到害怕。
在丈夫昌和陪同下，真纪再次来到院，接替四宫的鸿鸟仔细向她说明了情况，但是真纪仍不能接受这个事实。新生儿科医生白川领觉得这对夫妇小题大作。对于白川的发言，四宫、下屋、鸿鸟都不赞成，而今桥贵之则默默地递给白川一封信。
产科医鸿鸟第9集剧情介绍6年前，四宫的患者在生产时死亡。四宫为此一直自责，所以每天都会到那时出生的孩子小蕾所住的病房探望。这天，四宫正在进行剖腹产手术，突然接到通知说小蕾病情恶化。鸿鸟等人急忙跑到小蕾的病房尽力救治，然而小蕾还是离开了人世。急救车送来了怀孕23周即将早产的患者小泉明子。
经过产科和新生儿科的合力救治，小宝宝出生了，但是当看到全身插着各种管子的宝宝时，明子和丈夫大介惊讶得不知如何是好。新生儿科医生新井向他们说明了宝宝的状况以及今后可能会发生的危险。焦急的大介听后反而指责新井。即使如此，新井仍然忘我地看护着宝宝，寸步不离保育器。新桥贵之担心她独自承受的压力过多。
另一方面，进行不孕治疗后怀孕的相泽美雪，对鸿鸟说出了出生前诊断中让她感到困惑的地方。能怀上孩子，美雪固然高兴，但是，作为已经三十八岁的高龄产妇，她特别担心孩子会有问题。
产科医鸿鸟第10集剧情介绍(大结局)在福利设施里曾照顾过年幼的鸿鸟的景子给鸿鸟寄来一封信。那上面写了关于他已故母亲的事。这时，独自抚养女儿芽依的永井浩之深感工作与育儿无法兼顾之苦，他告诉鸿鸟准备把女儿寄养在乡下母亲家。
经过不孕治疗成功生下孩子的、鸿鸟的患者相泽美雪是在出版社工作的记者。经院长允许，她来医院对周产期医疗进行深入采访，不过，实际上，她还有别的目的。另一方面，森口亮子无法接受孩子患有先天性疾病这一事实，今桥贵之问她是不是准备永远不见孩子。
后来，虽然亮子说出了心里话，但是她的丈夫仍顽固地拒绝会见。而正当美雪进行采访时，临产时才入院的饭冢律子情况恶化，产科、新生儿科、麻醉科、急救科协同合作进行紧急手术。
