(原标题:世界病毒分类委员会小组天然子刊发文:为何这样命名新冠病毒)
汹涌新闻记者 张唯
3月2日,世界病毒分类委员会冠状病毒研讨小组(CSG)在《天然-微生物学》宣布新式冠状病毒的命名声明,描绘了新式冠状病毒的命名办法和进程,并介绍病毒分类中的常见问题。
作者着重,新式冠状病毒(SARS-CoV-2)称号中的SARS是为了杰出它们与原始病毒在演化上的联络,而不是临床疾病层面的联络。SARS-CoV-2现有的有限盛行病学和临床数据标明,其疾病特色和传达办法与SARS-CoV陈述的不同,应将SARS-CoV-2与2002至2003年SARS-CoV区别对待。
为了更好的了解,作者将病毒分类与人类分类进行比照。作者称,现在已知的严峻急性呼吸综合征相关的冠状病毒,可能与代表智人的少量个别相同,代表着某一特定物种。也就是说,SARS-CoV和SARS-CoV-2是严峻急性呼吸综合征相关冠状病毒种的代表,而玛丽·居里和阿尔伯特·爱因斯坦是智人的代表。
上述声明文章题为《严峻急性呼吸综合征相关冠状病毒:为2019-nCoV分类并命名为SARS-CoV-2》(The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2)。
声明文章中,CSG将新式冠状病毒与已知冠状病毒的遗传相关性进行了评价,并具体阐明命名该病毒为“严峻急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)”的根底。
病毒和病毒品种的分类和命名
历史上,与特定病毒相关的疾病和宿主规模是界说病毒的两个要害特征。但是,病毒的宿主可能是不承认的,病毒的致病性关于大多数病毒来说也依然不知道。作者以为,基因组序列是绝大多数病毒已知的仅有特征,应该用它来界说特定的病毒。
图1:依据系统发育的推理办法命名新式冠状病毒
界说病毒的新颖性是病毒分类的课题之一。RNA病毒的分类需求细心考虑其固有的遗传变异性,该特性往往导致两个或多个基因组序列不完全相同但类似的病毒被视为同一病毒的变种。
这种现象给研讨人员提出了一个问题:与现有的病毒群(group)差异到达多大,才足以将候选病毒辨认为新的、不同病毒群的成员?
研讨人员一般经过评价候选病毒与已辨认病毒的相关程度来答复此问题。这一点在病毒分类法的官方分类结构内写明,并由世界病毒分类委员会(ICTV)监督和协调。
ICTV为每个病毒科树立并保持一个研讨组。研讨组担任为病毒分配分类单元,如亚属(subgenera)、属(genera)和亚科(subfamilies)。
树立一个通用的病毒命名法是ICTV树立50多年前的首要任务之一。在病毒分类法中承认种等级(species rank)之后,ICTV的病毒命名责任转移到命名和树立种(species)上。ICTV研讨组还能够以个案为根底参加病毒命名,以此作为其官方职权规模的延伸,并使用其成员的特别专业相关常识。
界说SARS-CoV-2在冠状病毒科中的方位
冠状病毒的研讨人员曾多次面对这样的问题:当呈现一种会导致人类患上严峻乃至致病疾病的病毒时,需求承认它是归于现存种,仍是新的(没有树立的)种。SARS和中东呼吸综合征(MERS)发作时都呈现了这种状况。研讨人员都从依据基因序列的分类办法中取得信息,为病毒分类。
作者介绍,现在的冠状病毒分类法能够判定出39个冠状病毒种(species),27个亚属(subgenera),5个属(genera)和2个亚科(subfamilies)。它们都归于核糖病毒域(realm Riboviria),Nidovirales目,Cornidovirineae亚目,冠状病毒科。
科的分类和具体办法由CSG担任,他们经过比较新病毒与已知病毒在分类中的联络来评价新病毒的方位,包含承认SARS-CoV的方位。
图2:冠状病毒的系统发育树
为命名新式冠状病毒,作者评价了该病毒与已知冠状病毒的遗传类似性。经过比照基因组数据,特别是剖析参加病毒仿制的保存蛋白的变异,他们发现,新式冠状病毒与严峻急性呼吸综合征相关冠状病毒种(Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus)的病毒归于同一簇。
在新颖性方面,SARS-CoV-2不同于别的两种人畜共患冠状病毒SARS-CoV和MERS-CoV。
此前,CSG别离承认SARS-CoV和MERS-CoV为betacornavirus属中两个新非正式亚群的新种原型。这两个非正式亚群最近在病毒分类中被承认为Sarbecovirus和Merbecovirus亚属。作为新种中最早被发现的病毒代表,研讨人员为这两种病毒引入了共同的称号。
但SARS-CoV-2的状况与此不同,鉴于遗传学上的相关,它被划分给现有的严峻急性呼吸综合征相关冠状病毒种,而不是另立新种。
应将SARS-CoV-2与SARS-CoV区别对待
严峻急性呼吸综合征相关冠状病毒种含有几百个已知病毒(首要别离自人体和蝙蝠),所有这些病毒的姓名悉数源自SARS-CoV。作者解释道,这些病毒姓名中的SARS是为了杰出它们与这一原始病毒在演化上的联络,而不是临床疾病层面的联络。
依据严峻急性呼吸综合征相关冠状病毒种中病毒命名的常规,以及新式冠状病毒与系统发育树中原型SARS-CoV的相对间隔联络和间隔空间,CSG挑选了SARS-CoV-2这个称号。
作者称,SARS-CoV-2现有的有限盛行病学和临床数据标明,其疾病特色和传达办法可能与SARS-CoV陈述的不同,应将SARS-CoV-2的爆发与2002至2003年SARS-CoV的盛行区别对待。
他们也着重,这两个病毒在遗传学上十分类似,主张对同种病毒之间的联络打开研讨,以更好地了解这些人类病原体以及它们感染蝙蝠等动物的冠状病毒近亲的生物学和演化。
图3:冠状病毒分类法(与人类比照)
为了更好的了解,作者将病毒分类法与人类进行比照。作者称,现在已知的与严峻急性呼吸综合征相关的冠状病毒,可能与图中代表智人(H. sapiens)的少量个别相同,代表某一特定物种。也就是说,SARS-CoV和SARS-CoV-2是严峻急性呼吸综合征相关冠状病毒种的代表,而玛丽·居里和阿尔伯特·爱因斯坦是智人的代表。